Từ năm 1529, Thái An công nhà Hậu Lê là Lê Ý (黎意) khởi binh ở Thanh Hóa. Mạc Thái Tổ mang quân đi đánh bị thua trận phải rút về.

Tháng 8 năm 1530, sau khi lên ngôi, Mạc Thái Tông hội binh ở huyện Hoằng Hóa đánh Lê Ý, sai Mạc Quốc Trinh lĩnh thủy quân đi trước. Ý đón đánh được cả hai đạo quân Mạc. Mạc Thái Tông phải án binh cố thủ. Tháng 11 năm đó, Thái Tông sai Quốc Trinh ở lại cầm quân còn mình rút về kinh thành. Lê Ý thắng liền mấy trận có ý chủ quan, bị Quốc Trinh bắt được giải về kinh giết chết.

Đầu năm 1531, Nguyễn Kim khởi binh chống Mạc ở Ai Lao, mang quan về đánh Thanh Hóa. Thái Tông sai Tây quốc công Nguyễn Kính vào đánh. Nguyễn Kim đánh thắng được Nguyễn Kính hai trận, chia quân giữ các huyện. Tháng 9, trời đổ mưa nhiều, quân Mạc thừa cơ dùng thủy quân tiến đánh, quân Nguyễn Kim rối loạn phải rút về Ai Lao.

Năm 1533, Nguyễn Kim lập Lê Duy Ninh lên ngôi tại đất Ai Lao, tức là vua Lê Trang Tông, tái lập nhà Lê Trung hưng. Hiệu úy Nguyễn Nhân Liễn khởi binh ở Thuận Hóa chống Mạc. Mạc Thái Tông sai tướng đi đánh không dẹp được.

Năm 1535, ngày 16 tháng 2 cử Hoàng quận công tức Mạc Đăng Lượng cùng em Mạc Đăng Tuấn tức Hoàng Tuấn Ngạn vào trấn thủ Hoan châu, phủ Anh Đô, huyện Nam Đường định đô tại xứ Tiên Đô (Đền Tiên Đô) vùng Đô Đặng, tổng Đặng Sơn (nay thuộc 3 xã Đặng Sơn, Nam Sơn, Bắc Sơn thuộc huyện Đô Lương, tỉnh Nghệ An)

Năm 1537, trấn thủ Thanh Hóa là Tây An hầu Lê Phi Thừa đánh phá tam ty nhà Mạc do Trung Hậu hầu cai quản rồi chạy sang Ai Lao đầu hàng nhà Lê. Năm 1539, quân nhà Lê từ Ai Lao chia đường đánh chiếm huyện Lôi Dương (Thanh Hóa). Đất nhà Mạc bắt đầu bị chia cắt.